El programa tiene una duración de cinco años y avanza en dos etapas: la maestría (dos años escolarizados), y el doctorado (seis meses semi tutorial y dos años y medio tutorial). En el diseño del doctorado integral se se implementan el paso de una formación general con cursos básicos a una especializada con cursos complementarios; las temporadas de trabajo de campo intercaladas a lo largo del programa docente como sine qua non de la formación de un antropólogo; la asesoría personalizada y cercana del alumno por parte de un profesor-investigador experimentado; y la presentación periódica, en forma oral y escrita, de los resultados de la investigación. También se innovó con nuevas fórmulas la incorporación de grupos de estudiantes a las seis líneas de investigación desde la etapa escolarizada; la inclusión de seminarios de especialización teórica y monográfica como preparatorios para los seminarios de tesis; la fase completamente tutorial; y la creación de un seminario permanente sobre el pensamiento antropológico (sin valor curricular). El resultado de esta combinación de experiencia e innovación es un doctorado integral en antropología social cuidadosamente ponderado para responder a las necesidades de formación de profesores-investigadores en este campo fundamental de las ciencias sociales en México.

El programa de estudios está integrado por conocimientos básicos en la teoría y la metodología antropológicas en los campos de la cultura, la ecología cultural, la economía, la organización social y la política -las áreas clásicas en los saberes usuales en las pesquisas de orden antropológico. Estos saberes básicos se complementan y se ejemplifican con informaciones y con entendimientos contenidos en obras de índole teórico-monográfica que en buena medida se relacionan, en su caso, con las áreas de investigación y los grupos de trabajo de los miembros de la planta de profesores-investigadores del Centro. Estas áreas son: Cultura material y conocimientos; Cultura regional y etnografía; Ecología cultural; Identidades locales, cultura política y movimientos emergentes; Procesos de cambio socioeconómico y prácticas culturales.

El conjunto de reflexiones teórico-metodológicas y teórico-monográficas se entrelaza, fundamenta e inspira en observaciones, dataciones, análisis e interpretaciones de diversas realidades captadas en el trabajo de campo, al igual que en una serie de seminarios (de investigación, de especialización y de tesis) que se realizan en el Doctorado Integral.

En efecto, siguiendo una tradición original y particularmente antropológica bien probada y productiva, en el CEA se otorga un lugar primordial a los momentos formativos e imprescindibles para aprender –y aprehender- investigando; a la confrontación de los estudiantes-investigadores con las apariencias, sus conexiones, la calidad y la esencia de los problemas y/o de los temas que han elegido para la realización de su investigación.

Así, en el ámbito de las disciplinas antropológicas y con una intención de interdisciplinariedad, el Doctorado Integral en Antropología Social se adecúa y se integra con consideraciones, formas de análisis e interpretaciones que van más allá de nuestras realidades, con la pretensión generalizada de que la antropología llegue a ser considerada como un verdadero paradigma.

Para lograr esta meta los profesores-investigadores del CEA se han relacionado con colegas, proyectos de investigación y programas docentes de otras instituciones; entre las nacionales destacan el CIESAS, El Colegio de México, El Colegio de la Frontera Norte, El Colegio de la Frontera Sur, El Colegio de Jalisco, El Colegio de Sonora, El Colegio de San Luis Potosí, el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Occidente, el Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo; y las Universidades Michoacana, de Colima, de Guadalajara, Nacional Autónoma de México, Benemérita Autónoma de Puebla y Autónoma de Yucatán. En el extranjero, sobresalen los contactos con las siguientes universidades: la de Arizona, Austin, Illinois en Chicago, California en San Diego y Manchester